Em um forte do exército japonês, todos os soldados começam a correr como loucos fugindo de algo. Um dos quatro cabeças do exército começa a libertar os reféns inimigos, e vai até uma espécie de poço salvar o último e mais perigoso prisioneiro: Wolverine. Ele abre a tampa e se junta aos outros três líderes, que tiram a farda, sacam suas espadas e se suicidam, para não serem afetados por uma bomba atômica jogada pelos inimigos. Quando chegou a vez do quarto líder, Wolverine segurou a mão dele e os dois se jogaram dentro do poço. O mutante protege o soldado do choque e do fogo da bomba, e acaba ficando torrado igual churrasco, mas seu corpo se regenera e eles escapam vivos, então Logan (Wolverine) acorda do sono que o trouxe essa lembrança do passado, ao lado de sua esposa. Eles conversam um pouco e quando ele vê, está com as garras enfiadas na barriga dela.
Então ele acorda desse sonho, pega seu radinho, vê que está sem pilhas, e vai caminhando pela floresta onde vive, até a cidade, para buscar pilhas. Na cidade, ele vê um grupo de caçadores babacas fazendo merda na rua, mas vai embora. A noite, ele escuta um barulho e vai checar, quando vê um acampamento destruído, e encontra um urso agonizando, atingido por uma flecha.
Logan vai até a cidade de novo, entra no bar onde estão caçadores, enfia a flecha na mão de um deles e dá um pau no cara, mas quando ia matá-lo com as garras, uma japinha apareceu e segurou sua mão. Os outros do grupo puxaram armas, mas a japinha puxou uma espada samurai e matou os caras de medo. Ela pediu para Logan entrar no carro com ele, e explicou que seu patrão pediu para ela levasse Logan até o Japão, pois o cara está morrendo e quer se despedir dele. O velho japonês, é aquele quarto líder do exército japonês, que foi salvo pelo mutante Logan há muitos e muitos anos.
No Japão, ele encontra o velho no seu leito de morte; o velho pediu para "trocar de lugar" com Logan, assim o velho teria mais tempo de vida e Wolverine - que não morre - poderia deixar de se reconstruir de seus ferimentos, assim envelhecendo e morrendo normalmente. Logan se recusa e se prepara para voltar pra casa, quando vê a neta do velho ir correndo se jogar do prédio. Ele correu mais do que ela e a segurou. Mais tarde, o velho enfim morreu. Quando dormia, Logan acorda com a médica do velho em cima dele, beijando a boca, saindo um vaporzinho verde. Na manhã seguinte, no funeral, vários ninjas apareceram e tentaram captura a neta, que além de princesa, se tornaria a mulher mais poderosa do Japão. Logan pega a princesa e consegue fugir com ela, entrando no metrô. Depois de viajar um trecho, um ninja apareceu e lutou com Logan na parte de fora do trem, e depois da luta, ele e a princesa foram para um hotel. Lá pelas tantas, ele foi pra fora do quarto e se jogou do prédio. Quando acordou, um jovem veterinário estava tirando uma bala dele, que veio de um tiro tomado no funeral do velho. Logan não está mais se regenerando sozinho de seus ferimentos.
Agora a dupla vai para uma casa bem longe de tudo. Quando Logan dormia, capangas vieram e levaram a princesa. Ele conseguiu pegar um dos caras e depois saiu andando pela cidade, até que a japinha que o levou para o Japão aparece numa caranga e o leva até um lugar, onde ele encontra o noivo da princesa, que confessa suas sacanagens e depois é jogado pela sacada. Os capangas chegam com a princesa e a entregam para o pai dela. Quando eles saem, ninjas aparecem e matam todos os seguranças. Os ninjas entram e levam a princesa, enquanto o pai dela é atacado por um negócio cheio de veneno que a médica do velho enfiou no pescoço dele. Quando Logan e a japinha chegam ao local, já encontram todos mortos. O Wolverine ativa a máquina de raio-x e descobre que há um negócio em seu coração que não deixa mais ele se recuperar dos ferimentos. Ele bota suas garras pra fora, corta o próprio peito e vai tirar o negócio, quando o pai da princesa aparece e começa a lutar com a japinha. Ela ganha tempo até que Logan consegue tirar o negócio do coração e luta contra o cara, até ser morto pelas garras do Wolverine. Então ele pega a japinha e eles partem para a vila onde está a princesa. Na chegada, ele foi capturado e preso em uma máquina. A médica ativou um samurai gigante de metal, para que com sua espada cortasse as garras do Wolverine. A princesa pula sobre o samurai e desvia o golpe, assim Wolverine consegue se salvar. A japinha lutou com a médica mutante até conseguir matá-la, enquanto o Wolverine conseguiu cortar a cabeça do samurai, revelando o velho japonês lá dentro. Ele penetra uns ferros nas garras do Wolverine, que vai o enfraquecendo, enquanto o velho vai rejuvenescendo. Quando estava quase no fim, a neta do velho crava uma espada nele, que cai do alto da torre.
Mais tarde, Wolverine beija a princesa, entra no avião e volta pra casa. No aeroporto, ele encontra Magneto e o Professor Xavier, que vieram pedir ajuda dele para lutar contra humanos que estão construindo armas que podem destruir o mundo. ##### É bacana, um dos melhores filmes de super heróis; bem consistente na trama, filme inteligente. Recomendo.